Z inicjatywy Rady ds. Przedsiębiorczości przy Marszałku Województwa Mazowieckiego w dniu 14 sierpnia 2007r. na 69 posiedzeniu Zarządu Województwa Mazowieckiego podjęto decyzję o rozpoczęciu działań w celu utworzenia Mazowieckiej Agencji Energetycznej, której powstanie i funkcjonowanie byłoby finansowane w ramach programu UE Inteligentna Energia dla Europy (IEE). Zasady współpracy określone zostały w uchwale Zarządu Województwa Mazowieckiego Nr 1828/76/07 z dnia 11.09.2007r.
We wrześniu 2007r. został złożony do Komisji Europejskiej wniosek o grant finansowy. W czerwcu 2008r. Komisja Europejska przesłała oficjalna decyzję o akceptacji wniosku wraz z informacja dotyczącą przekazania Samorządowi Województwa Mazowieckiego grantu finansowego w wysokości 250 000 EUR skierowanego na rozwój odnawialnych źródeł energii, oraz zwrot kosztów utworzenia i funkcjonowania Mazowieckiej Agencji Energetycznej.
Zasady przygotowania kontraktu dla Samorządu Województwa Mazowieckiego określone zostały w uchwale Zarządu Województwa Mazowieckiego Nr 1163/143/08 z dnia 10.06.2008r.
Dnia 11 września 2008r. Urząd Marszałkowski Województwa Mazowieckiego otrzymał od Komisji Europejskiej Umowę o grant. W imieniu Samorządu Województwa Mazowieckiego Pan Adam Struzik Marszałek Województwa Mazowieckiego podpisał Umowę o Grant w dniu 13 października 2008r. Kontrakt określał zasady przekazywania środków finansowych oraz zasady powołania Mazowieckiej Agencji Energetycznej.
Zawiązanie spółki Mazowiecka Agencja Energetyczna Sp. z o.o. miało miejsce w dniu 26 marca 2009r. na zebraniu założycielskim w Urzędzie Marszałkowskim Województwa Mazowieckiego w Warszawie.
W dniu 15 kwietnia 2009r. zgodnie z Umową Spółki, w związku z Uchwałą Nr 855/230/09 Zarządu Województwa Mazowieckiego z dnia 15 kwietnia 2009 r., Rada Nadzorcza Mazowieckiej Agencji Energetycznej Sp. z o.o. powołała Pana dr inż. Marka S. Kozłowskiego na Prezesa Zarządu Spółki.
W dniu 6 czerwca 2009r. Pan dr inż. Marek S. Kozłowski przesłał do Komisji Europejskiej zgodnie z Umową o Grant „Deklarację utworzenia i faktycznego rozpoczęcia działalności” przez Mazowiecką Agencję Energetyczną Sp. z o.o.
W dniu 18 czerwca 2009r. odbyła się konferencja inaugurująca działalność Mazowieckiej Agencji Energetycznej pt. "Polityka energetyczna państwa a innowacyjne aspekty gospodarowania energią w regionie”, na której gościła reprezentująca Komisję Europejską Pani Vassilia Argyraki – Project Officer z Agencji Wykonawczej ds. Konkurencji i Innowacji (EACI).
Uchwała Nr 2388/278/09 Zarządu Województwa Mazowieckiego z dnia 15 września 2009 r. doprowadziła do wejścia w życie Aneks zmieniający nr 1 do Umowy o grant, wejścia MAE w rolę koordynatora projektu, i tym samym zakończyła proces uruchomienia projektu pn. „Mazowiecka Agencja Energetyczna” przez Samorząd Województwa Mazowieckiego.
Aneks zmieniajacy nr 1 do Umowy o grant wszedł w życie w dniu 1 października 2009r. i w tym dniu Mazowiecka Agencja Energetyczna rozpoczeła realizację działania przewidzianego w Umowie o Grant.